Opplysningen om angrepet kom i en melding natt til mandag.
Anslagsvis 1,3 million innbyggere har flyktet Rafah, som Israel truer med å invadere. Byen ligger helt sør på Gazastripen, på grensa mot Egypt.
Les også: CIA-sjefen på vei til Doha
Les også: Forsker mener bilde av Eide med Palestina-aktivist er problematisk
Les også: Hun gir Russland klar beskjed: – Vi aksepterer det ikke