Morata feiret triumfen med lagkameratene da en sikkerhetsvakt skled og kolliderte med ham da han forsøkte å stoppe en inntrenger på banen.
31-åringen tok seg til kneet og haltet av banen etter kollisjonen, og i pressesonen sa trener Luis de la Fuente at spissen hadde vondt i beinet.
Onsdag kom Morata med en oppløftende beskjed da den spanske troppen satte kursen mot EM-basen i Donaueschingen.
– Jeg føler meg veldig bra, sa Morata til den frammøtte pressen.
På spørsmål om hvilke konsekvenser hendelsen bør få for sikkerhetsvakten, svarte Spanias kaptein fleipete:
– Gult kort, og det er det.
Spania er klar for sin første EM-finale siden 2012. Der venter enten England eller Nederland.
Les også: Spania jakter historisk EM-tittel etter fire minutters snuoperasjon mot Frankrike