Palace-stopper Marc Guehi gikk opp i hodeduell med Leeds-stopper Liam Cooper med armen rett ut foran seg. Da Cooper stusset ballen, fortsatte den rett inn i knyttneven hans.
Dommer Kevin Friend reagerte først ikke, men etter å ha vært en tur borte ved videomonitoren pekte han på straffemerket.
Raphinha stoppet og hoppet i tilløpet, men banket ballen i mål bak Vicente Guaita.
[ Poengdeling i dramatisk bunnoppgjør i Premier League ]
Viktig
Dermed tok Marcelo Bielsas menn svært viktige poeng i bunnstriden. Seieren løftet laget forbi Watford og Southampton og betyr at det nå er fem poeng ned til nedrykksplass.
– Dette er en stor lettelse, men jeg synes vi fortjente seieren. Vi skapte noen gode sjanser, men vi var litt heldige med handsen helt på slutten, sa Leeds-spiller Kalvin Phillips til BBC.
– Det har ikke vært en god sesongstart for oss, men i dag var de tre poengene alt som betydde noe. Å vinne på den måten gir oss ekstra energi, sa Tyler Roberts.
[ Merseyside-derbyet er rundens godbit – dette er midtukens kamper i Premier League ]
Frustrert
Det var ingen ufortjent seier for Leeds, men Crystal Palace hadde store sjanser og kunne også ha vippet kampen sin vei. I det 79. minutt måtte Leeds-keeper Illan Meslier reagere lynraskt og kaste seg bakover for å nå igjen ballen på målstreken etter at Christian Benteke så ut til å ha styrt den forbi ham og i mål.
– Jeg er frustrert nå, for vi var det beste laget. Jeg vil ikke fokusere på straffesparket, men på sjansene vi misbrukte. Jeg synes vi var veldig uheldige, sa Palace-manager Patrick Vieira til BBC.