Etterforskere mener ytre høyre-populisten og eksoffiseren Bolsonaro ledet en gruppe kuppmakere som satte spørsmålstegn ved valgsystemet og resultatet, som innebar at Luiz Inácio Lula da Silva vant og ble landets nye president.
Bolsonaro har tidligere avvist alle anklager.
Torsdagens avhør av ekspresidenten skjedde i det føderale politiets hovedkvarter i hovedstaden Brasilia.
Les også: Domstol vil utestenge Bolsonaro fra politikk fram til 2030