Det var Bayern München-spissens 67. og 68. landslagsmål.
England dominerte stort, men Hradecky var glimrende i gjestemålet og reddet gang på gang store engelske sjanser.
I det 58. minutt var det ingen bønn. Kane fikk ballen fra Trent Alexander-Arnold, vendte bort Robert Ivanov og skjøt i mål via undersiden av tverrliggeren. Avslutningen var ganske midt i mål, men skuddet var så hardt at Hradecky ikke fikk opp armene i tide.
I det 76. minutt ble innbytter og debutant Noni Madueke spilt gjennom på kant av Alexander-Arnold, og Kane feide innlegget i lengste hjørne.
Noe hattrick ble det ikke, for like etter ble landslagskapteinen byttet ut til ovasjoner fra publikum.
Kane er den tredje som scorer i sin 100. landskamp for England. Bobby Charlton gjorde det i 1970 og Wayne Rooney i 2014.
Englands midlertidige landslagssjef Lee Carsley har fått en god start med 2-0-seier borte over Irland lørdag og tirsdagens seier i hjemmedebuten.
England og Hellas har skilt seg ut i B-divisjonens gruppe B, med full pott. I neste runde i oktober kommer grekerne til Wembley.
For sommerens tapende EM-finalist handler det om å rykke opp til A-divisjonen umiddelbart etter det skuffende nedrykket for to år siden.
Les også: Rice og Grealish vraket Irland – ga irske Carsley England-seier i debuten