Kopecky vant med 41 sekunder ned til lagvenninne Lorena Wiebes og Charlotte Kool (DSM).
Belgieren sikret seieren da hun dro fra hovedfeltet i en bakke kort tid før mål. Kopecky kjørte solo i om lag ti kilometer før hun kunne strekke armene over hodet.
Kvinnene syklet sitt aller første Tour de France i fjor, og nederlandske Annemiek van Vleuten tok en suveren sammenlagtseier.
Van Vleuten endte imidlertid på 13.-plass på søndagens etappe, 43 sekunder bak dagens vinner. Uno-X' Mie Bjørndal Ottestad ble beste norske på 17.-plass.
Tour de France for kvinner går over åtte etapper.