14 år gamle Benjamin Achimeir forsvant fredag, noe som utløste en omfattende leteaksjon og angrep på flere palestinske landsbyer.
Det militære sier at guttens lik ble funnet etter at han ble drept i et terrorangrep. Statsminister Benjamin Netanyahu reagerer sterkt og kaller hendelsen et avskyelig drap.
Achimeir ble meldt savnet tidlig fredag fra den jødiske utposten Malachi Hashalom i nærheten av Ramallah på den okkuperte Vestbredden.
Minst en person ble drept og flere titalls skadd da jødiske bosettere som lette etter gutten, angrep den palestinske landsbyen al-Mughayyir, 500 meter vest for Malachi Hashalom.
Bosetterne fyrte av våpen og satte fyr på en rekke boliger og biler i landsbyen, og innbyggerne svarte med å kaste stein på dem. Ordfører Amin Abu Alyah sier at hæren deretter kom for å støtte bosetterne.
En av byens innbyggere sier at hæren beordret beboerne til å samle seg utenfor landsbyen, og at over ti hus og 50 biler ble brent.
Minst 462 palestinere er drept av israelske soldater og bosettere på Vestbredden siden krigen i Gaza startet i oktober i fjor.
700.000 bosettere bor ulovlig på den okkuperte Vestbredden, inkludert Øst-Jerusalem, og beskyttes av den israelske hæren.
Les også: Iran bekrefter at de står bak skipskapring i Hormuzstredet