AEMET har opprettholdt farevarselet for regionen. De mener det er stor fare for kraftig nedbør og vind også fredag.
Lokale myndigheter har bedt innbyggerne om å unngå bilkjøring. Skoler er stengt, det er også flyplassene i Almeria og Murcia.
– Ingen bør forlate hjemmene sine. Bruk sunn fornuft, sier regionpresident Fernando Lopez Miras i Murcia.
Torsdag var det meldt om to omkomne etter uværet. Fredag opplyser spanske myndigheter at ytterligere en person er død som følge av det kraftige regnværet, som har rammet regionene Valencia, Alicante og Murcia.
Minst tre døde
Personen ble sittende fast i en bil i en oversvømt tunnel i Almeria i Alicante fredag morgen. Ifølge den statlige tv-kanalen TVE ble to andre personer reddet ut av bilen.
De to som omkom torsdag, er en 51 år gammel kvinne og en 61-årig mann. De to ble funnet døde inne i en bil som ble tatt av flomvann i kommunen Caudete, 10 mil sør for Valencia. De to var søsken.
Nødetatene i Murcia sier de har reddet 144 personer fra oversvømte biler og hus. Spanske myndigheter opplyser at landets militære har reddet 60 personer som var innesperret som følge av vannmassene.
Følg Dagsavisen på Facebook og Twitter!
Ber folk holde seg hjemme
Regnværet i regionen er ifølge værtjenesten AEMET det kraftigste som er registrert siden 1917. Vannstanden i elven Clariano steg med nesten 9 meter på to timer i og rundt byen Aielo de Malferit torsdag. Brunt vann flommet gjennom byens gater og tok med seg flere biler.
Totalt kom det 400 millimeter regn i byen torsdag, opplyser borgermester Jorge Rodriguez. Han kommer til å be regjeringen til å erklære katastrofetilstand i byen for å frigjøre nasjonale ressurser, nødhjelp og hjelp til å reparere flomskadene.