Triumfen var London-klubbens første av betydning i Europa siden seieren i cupvinnercupen i 1964/65-sesongen.
Avgjørelsen falt sent i Praha. Omtrent i det klokken tikket 90 minutter satte Bowen inn matchvinnermålet etter en nydelig kontring. Suksessen betyr at West Ham blir å se i europaligaen til høsten.
– Dette er fantastisk. Jeg har hatt en lang karriere i fotballen, og du får ikke mange øyeblikk som denne. Vi gikk ubeseiret i Europa gjennom hele sesongen, sa en stolt West Ham-manager David Moyes til BT Sport.
60-åringen omtalte finaleseieren som det største han har opplevd som manager. Den kom i en sesong der West Ham lenge kjempet mot nedrykk fra Premier League. Inntil i år hadde ikke klubben vunnet en større tittel siden FA-cupbragden i 1980.
Gjenstand i hodet
Onsdagens finale fikk en liten bismak da Fiorentina-kaptein Cristiano Biraghi fikk kastet en gjenstand i hodet etter om lag 33 minutter. TV-bildene viste at han fikk et blodig kutt.
Man kunne også se at det lå en rekke ølglass på gressmatten der Biraghi hadde stått. Kampen ble stoppet i to minutter for å få skaden bandasjert.
I andre omgang ble vondt til verre for Biraghi da han handset innenfor 16-meteren. West Ham ble tildelt straffe, og den satte Saïd Benrahma kontant i krysset.
[ West Ham holdt unna for AZ – gikk til første finale i Europa på 47 år ]
Uro
Ledelsen holdt de bare på i fem minutter. Giacomo Bonaventura dunket inn utligningen nede i venstre hjørnet, men det skulle ikke bli en ny italiensk tittel i Uefas tredjerangerte europacup. I fjor vant Roma den aller første utgaven.
Før finalekampen i Praha kunne det tsjekkiske politiet melde om at en rekke Fiorentina-fans hadde angrepet en gjeng med West Ham-supportere.
Tre West Ham-fans og en politimann ble skadd i hendelsen, mens 16 personer ble varetektsfengslet, opplyste politiet.
[ Sevilla slo Roma i straffedrama og vant europaligaen igjen – femte gang på ti år ]