Hendelsen som London-klubben nå er siktet for skjedde på overtid av den første omgangen mot Liverpool på Anfield lørdag ettermiddag.
Chelsea-spillerne var svært misfornøyde med at dommer Anthony Taylor blåste straffespark og ga rødt kort til Reece James etter en hands på målstreken.
Bildene viste at flere av Chelsea-spillerne var tett opp på Taylor i kjølvannet av straffesparket, der keeper Edouard Mendy pådro seg gult kort. Flere av spillerne diskuterte med Taylor på vei inn i spillertunnelen.
Nå er klubben siktet for å ha mislyktes med å kontrollere spillerne.
«Chelsea FC har blitt siktet for to brudd på reglene under oppgjøret mot Liverpool», heter det i en uttalelse fra FA.
«Det har blitt påstått at Chelsea ikke klarte å forsikre at spillerne oppførte seg som de skal mot slutten av 1. omgang, og etter pausesignalet», heter det videre.
Chelsea skal ha til fredag på seg å svare på anklagene. Kampen endte uavgjort etter at Kai Havertz sendte de blå i ledelsen, før Mohamed Salah utlignet etter den nevnte handsen.