Niskanen ledet rennet på de aller fleste passeringspunktene, men mot slutten kom Klæbo på et senere startnummer og utfordret finnen i seierskampen.
Avslutningen til finnen hadde imidlertid ikke Klæbo muligheten til å matche. Til slutt skilte det 12,9 sekunder dem i mellom i favør Niskanen.
Dermed tok den finske stjernen sin andre strake seier på 10 kilometer klassisk i verdenscupen denne sesongen. Han seiler opp som den klare favoritten på distansen under VM i Trondheim om få uker.
– Ingenting er bedre enn at presset ligger på han. Det er egentlig ganske fint at vi ikke vinner i dag, sa landslagstrener Eirik Myhr Nossum til Viaplay.
Klæbo hadde sju strake seirer i verdenscupen før lørdagens renn, men måtte se den rekken bli brutt i Sverige.
Sterk laginnsats
Det norske VM-gullhåpet avbrøt nylig et planlagt høydeopphold i Davos med sykdom i kroppen. Trønderen returnerte til Norge for å hente seg inn igjen.
Nå synes han å være i godt slag igjen. Fredag vant han sprinten i Falun, og lørdag fulgte han opp med et av sesongens beste distanserenn.
Erik Valnes gikk et sterkt renn lørdag og ble nummer tre bak Klæbo. Han var slått med 17,5 sekunder av den finske vinneren.
Deretter fulgte Martin Løwstrøm Nyenget.
Simen Hegstad Krüger, Pål Golberg, Andreas Fjorden Ree og Harald Østberg Amundsen plasserte seg på plassene fra åtte til tolv.
Les også: Heidi Weng viste gryende VM-form i Falun – Andersson knuste alle
Valnes bekreftet VM-plassen
Lørdagens Falun-distanse er VM-øvelse i Granåsen om noen uker. Der har Norge fem plasser. Krüger er regjerende mester og har personlig friplass.
Klæbo, Nyenget og Østberg Amundsen har i lengre tid vært sikre kort til tre av de fire øvrige plassene. Erik Valnes har hatt et godt tak på den siste, og lørdagen i Falun feide all tvil til side.
Svenskene Edvin Anger og Calle Halfvarsson gikk også sterke renn til femte- og sjuendeplass.
Halfvarsson har slitt med ryggen denne sesongen, men viste ingen tegn til det på hjemmebane.
Les også: Halfvarsson avslører: Vurderer å legge seg på operasjonsbordet rett etter VM
