Hagen hadde vunnet elleve strake verdenscupseire før diskvalifiseringen sist helg, men lå an til å vinne for andre dag på rad søndag.
24-åringen startet 22 sekunder bak teten foran langrennsdelen i estiske Otepää. Søndagens konkurranse var en såkalt kompaktøvelse, der tidsdifferansene mellom konkurrentene ofte er jevne.
Verdenscupleder Armbruster startet like bak ledende Maria Gerboth på langrennet, med Hagen jaktende bak. Halveis på femkilometeren hadde Hagen tatt igjen tyskerne i front.
Til slutt ble det en duell mellom Hagen og Armbruster. Den tyske løperen hadde gode ski og hadde få problemer med å stikke av på oppløpet og vinne rennet.
Les også: Nye medaljesjanser i alpint-VM – dette er søndagens direkte TV-sport