38-åringen fikk direkte rødt kort da han rykket ut og kroppstakkelet Jeremie Frimpong da nederlenderen var på vei gjennom. Aldri før i sin 866 kamper lange karriere har Neuer blitt utvist.
Etter hvilen avgjorde Nathan Tella kampen med sitt mål og sendte den regjerende mesteren videre i turneringen.
Leverkusen vant finalen mot Kaiserslautern sist sesong. Bayern har vunnet cupen rekordmange 20 ganger, men har ikke gått seirende ut siden 2019/20-sesongen.
I serien har Bayern fått en god start under trener Vincent Kompany. Klubben, som er ubeseiret etter tolv kamper, leder med fire poeng ned til Eintracht Frankfurt.
Xabi Alonsos Leverkusen-lag var utilnærmelige sist sesong. De har bare tapt én av sine første tolv kamper, men har sju poeng opp til Bayern.
Les også: Musiala reddet Bayern fra årets første tap borte mot Ryersons Dortmund
