Deila fikk en vanskelig start på sesongen, men har med tre strake seirer tatt steget bort fra tabellbunnen i Eastern Conference i Major League Soccer (MLS).
New York City brøt også dermed Massachusetts-lagets seiersrekke på sju kamper.
Bortelaget fikk hjelp av et selvmål og tok ledelsen i det 60. minutt, før Heber avgjorde med 2-0 elleve minutter senere.
New York City møter DC United borte i Washington søndag.
Les også: Deila har savnet presset, oppmerksomheten og forberedelsene
:quality(70)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/H5EH7RTHQBDX3AJJOJVOPPK67I.jpg)
:quality(70)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/X25JPPRDNZFVPIDH4HBU4W4S6U.jpg)
:quality(70)/cloudfront-eu-central-1.images.arcpublishing.com/mentormedier/OXVUUW25SJF7JGZCIR65SZSA5E.jpg)