25-åringen, som onsdag avsluttet etapperittet Tour de Wallonie, skulle i utgangspunktet ikke ha syklet det 227 kilometer lange endagsrittet.
Etter en sen endring i Katusha-laget måtte imidlertid Bystrøm sette seg på flyet til Spania torsdag.
– Tour de Wallonie unnagjort. Jeg gjorde mitt beste, men manglet vinnerbeina. Nå er jeg på vei til San Sebastian etter at laget ble endret i siste minutt, skrev Bystrøm på sin Instagram-profil torsdag.
Haugesunderen, som ble U23-verdensmester i Spania i 2014, syklet nylig også Østerrike rundt.
I Clasica San Sebastian blir han eneste norske deltaker.