Pasjinian kaller det en smertefull avgjørelse.
«Kjære landsmenn, brødre og søstre. Jeg tok en veldig vanskelig avgjørelse for meg og oss alle. Jeg har undertegnet en avtale om å avslutte konflikten i Nagorno-Karabakh, med Russlands og Aserbajdsjans presidenter», skriver han på sin Facebook-side.
Avtalen trådte i kraft klokken 1 natt til tirsdag (klokken 22 norsk tid mandag).
Avtalen har til hensikt å avslutte seks uker med kraftige sammenstøt i Nagorno-Karabakh, der 1.200 mennesker er bekreftet døde på begge sider. Det reelle antallet døde anslås å kunne være mye høyere.
– Jeg har tatt denne beslutningen som følge av grundig analyse av den militære situasjonen, uttaler Pasjinian, etter at styrker fra Aserbajdsjan har rykket betydelig fram i kampen mot armenskstøttede separatister i Nagorno-Karabakh.
Søndag sa Aserbajdsjans president Ilham Alijev at hans styrker hadde tatt kontroll over byen Shusha i Nagorno-Karabakh.
Avtalen som nå er inngått, er den beste mulige løsningen i den nåværende situasjonen, mener Pasjinian.
Nagorno-Karabakh er internasjonalt anerkjent som en del av Aserbajdsjan, men kontrolleres av armenske separatister og har i dag en befolkning som stort sett er armensk.