Ifølge lederen av valgkommisjonen i regionen, Dmitrij Marshan, fikk Gunba 54,7 prosent av stemmene i andre runde av valget. Opposisjonelederen Adgur Ardzinba fikk 41,5 prosent oppslutning.
Det meste av verden anerkjenner Abkhasia som georgisk territorium, men regionen har vært under de facto russisk kontroll siden en kort krig mellom Moskva og Tbilisi i 2008.
Russlands president Vladimir Putin var søndag raskt ute med å gratulere Gunba med seieren.
Situasjonen i Abkhasia har vært spent siden november da demonstranter avsatte den Kreml-vennlige presidenten Aslan Bzhania.
Gunba var visepresident og overtok da som fungerende leder.
Les også: Flom av desinformasjon om Ukraina i USA etter Trumps diktator-utspill
Les også: Eide om toppmøtet i London: – Kan bli historisk
Les også: Britisk milliardlån til Ukraina
