Pedersen har i flere år forsøkt å få president Bashar al-Assad og opposisjonen i landet til å inngå en avtale, men uten å lykkes.
Natt til søndag rykket opprørere med islamistgruppa Hayat Tahrir al-Sham (HTS) i spissen inn i Damaskus, og Assad flyktet.
Pedersen kaller det et vannskille og oppfordrer nå «alle syrere til å prioritere dialog» og til «å respektere internasjonal humanitær lov og menneskerettighetene».
Utfordring
HTS regnes som en etterkommer etter al-Qaidas tidligere avlegger i Syria, Nusrafronten og står på FNs liste over terrororganisasjoner.
– Det er en utfordring å inkludere en terrorlistet gruppe som Hayat Tahrir al-Sham i overgangen, medgir Pedersen.
Han ber alle aktører i Syria om å bidra til å opprettholde lov og orden.
Mørkt kapittel
Pedersen omtaler den 13 år lange borgerkrigen i Syria som «et mørkt kapittel som har etterlatt dype arr» og understreker at han vil støtte det syriske folk i overgangen til nytt styre.
– I dag ser vi framover med forsiktig håp om å kunne åpne et nytt kapittel med fred, forsoning, verdighet og inkludering for alle syrere, sier han.
Må hjelpe
– La oss hedre minnet til de mange som i flere tiår har lidd, ved å hjelpe syrerne med å bygge et Syria der rettferdighet, frihet og framgang blir en realitet for alle, sier han.
– La oss i solidaritet stille opp for syrerne og hjelpe dem med å sikre at dette nye kapittelet blir ett med håp og muligheter for alle syrere, sier Pedersen.
Les også: – Som foreldre må vi tåle å være uenige med barna våre (+)
Les også: Trener på krig i Oslo: – Vi tar soldatene inn i det ukjente (+)
Les også: Ekspert om Donald Trump-effekt i Nato: – Min store frykt (+)