Mesteparten av overgrepene begås av RFS-militsen og allierte arabiske militser, ifølge FN-gruppen som har gransket bruken av seksuell vold.
Volden blir ifølge den 80 sider lange rapporten brukt til å terrorisere og straffe sivile som antas å ha bånd til fiendtlige styrker.
– Den svært omfattende bruken av seksuell vold som vi har dokumentert i Sudan, er dypt sjokkerende, sier FN-granskningens leder Mohamed Chande Othman i forbindelse med at rapporten ble publisert tirsdag.
Den inneholder intervjuer med ofre, pårørende og øyenvitner.
RFS har så langt ikke kommentert anklagene.
