Flyet landet mandag kveld i Berlin med rundt 110 passasjerer om bord, uttaler departementet.
Om bord var ansatte ved den tyske ambassaden i Beirut, deres familier, samt ansatte i tyske organisasjoner i Libanon.
Tyskland har oppjustert sikkerhetsnivået ved landets diplomatiske stasjoner i Beirut, Tel Aviv og Ramallah gjennom helgen. Ambassadene forblir åpne, men alle ansatte som anses som ikke-vitale for driften, blir sendt hjem til Tyskland.
Også Storbritannia henter hjem briter fra Libanon. Britiske myndigheter har leid et fly som skal hente hjem briter fra Libanon onsdag denne uken.
– Situasjonen i Libanon er eksplosiv og har potensial til rask forverring, sier utenriksminister David Lammy i en uttalelse på den britiske regjeringens nettsted.
Onsdagens flygning er satt opp slik at briter som ønsker det, kan få forlate Libanon. Hvis pågangen blir stor, kan britiske myndigheter sette opp flere flygninger.
I forrige uke kunngjorde regjeringen i London utplassering av 700 soldater på Kypros, slik at de står klare til å evakuere britiske borgere fra Libanon, hvis det skulle bli nødvendig.
Mange flyselskaper har innstilt vanlige flygninger til og fra Libanon på grunn av krigsfaren.
Les også: Israel: Har startet begrenset operasjon i Sør-Libanon
Les også: Ekspert: Slik ble Hizbollah så mektige (+)
