Opptøyene brøt ut mandag kveld i byen Kaedi, der sikkerhetsstyrker måtte pågripe en rekke mennesker som var misfornøyde med resultatet av presidentvalget, ifølge departementet.
To av de pågrepne døde i varetekt, mens den tredje senere døde på sykehus, heter det.
Det skal også ha skjedd plyndring og hærverk i byen i forbindelse med opptøyene.
Øyevitner til AFP har også fortalt om uro i arbeiderdistriktene i Mauritanias hovedstad Nouakchott etter at de endelige resultatene fra presidentvalget viste at president Mohamed Ould Cheikh El Ghazouani hadde vunnet med god margin.
Siden den gang har mobilnettet vært kuttet i hovedstaden, ifølge AFP-journalister. En kilde nær politiet forteller nyhetsbyrået at flere titall mennesker har blitt pågrepet i opprørene som har oppstått. Ifølge kilden er mange av de pågrepne utlendinger.
Myndighetene har ikke kommentert at mobilnettet er nede, men internett-restriksjoner er blitt en vanlig taktikk av regjeringer over hele verden i møte med protester.
Biram Dah Abeid, som kom på andreplass i valget, fordømte mandag det han omtalte som «massiv svindel» og truet med å organisere fredelige demonstrasjoner i landet.
Også etterdønningene av valget i Mauritania i 2019, som brakte Ghazouani til makten, var preget av sammenstøt og pågripelser av politiske motstandere, så vel som statsborgere fra naboland, anklaget for å ha deltatt i demonstrasjoner. Internettilgangen ble også kuttet da, den gang i ti dager.
Les også: Rabattkoden økte prisen på bussbillettene til Nor-Way: – Årets kaktus
Les også: Arbeids- og sosialkomiteen: Instruerer regjeringen om fortgang i erstatning til oljearbeidere (+)