Guvernør Aleksandr Bogomaz hevder på Telegram at brannen i byen Klintsyj, sju mil fra grensa til Ukraina, brøt ut etter at dronen ble skutt ned.
13 brannbiler ble sendt til stedet, og en talsmann for den lokale jernbanen sier at et tog som har spesialutstyr for storbranner, ble satt inn i kampen mot flammene.
Så langt er det ikke meldt om sårede eller drepte, ifølge Bogomaz, som skriver at slukningsarbeidet er i gang.
Fredag formiddag sier en kilde i Ukrainas militære etterretning at de står bak angrepet. Kilden sier til nyhetsbyrået AFP at droneangrepet var en del av en spesialoperasjon.
Torsdag påtok landet seg ansvaret for et droneangrep i Leningrad-regionen, 100 mil fra Ukrainas grense.
[ Rapport tilbakeviser at ukrainske flyktninger tas imot med åpne armer ]