Minst ti personer ble pågrepet da de forsøkte å storme den japanske ambassaden, opplyser sørkoreansk politi.
Protesten er rettet mot Japans utslipp av store mengder renset radioaktivt spillvann fra det ødelagte atomkraftverket Fukushima ved Japans stillehavskyst.
– Over ti personer er blitt pågrepet for å ha forsøkt å trenge seg inn i ambassaden, opplyser sørkoreansk politi torsdag.
Det internasjonale atomenergibyrået (IAEA) har forsikret om at spillvannet ikke utgjør noen fare for verken mennesker eller miljø. Men i Kina og Sør-Korea er reaksjonene uansett sterke.
Importforbud
Kina innførte torsdag forbud mot import av all sjømat fra Japan med umiddelbar virkning.
Tollvesenet i Kina skriver i en uttalelse at importforbudet gjelder alle dyr og planter som lever i havet og som kommer fra Japan.
– Vi vil fortsette å følge med på utslippet av radioaktivt forurenset vann i havet i Japan og tilpasse relevante reguleringstiltak, heter det i uttalelsen torsdag.
Ber om åpenhet
Også Sør-Korea har innført importforbud, men kun mot fisk fra det aktuelle området. Sør-Koreas statsminister ber også Japan være helt åpne om utslippet.
Det japanske atomkraftverket ble skadd i jordskjelvet og tsunamien i 2011. Katastrofen krevde over 18.000 liv og førte til at tusenvis av mennesker måtte flytte.
Utslippene startet torsdag og skal skje over en periode på 30 år. I alt skal 1,3 millioner tonn renset vann slippes ut.