Han ble drept da Taliban forsøkte å slå tilbake mot IS-opprørere som angrep sykehuset, ifølge tjenestepersoner i Taliban-regjeringen.
Mokhlis var medlem i den konservative Haqqani-gruppen, en av Talibans mektigste fraksjoner. Han er den mest fremtredende i Taliban som har blitt drept siden opprørsgruppa inntok Kabul i august.
Han var også offiser i Talibans eliteenhet Badri.
Kilder i Taliban sa tirsdag at minst 19 personer ble drept i angrepet.
Hold deg oppdatert. Få daglig nyhetsbrev fra Dagsavisen