Uttalelsene kom mens forsvarsminister Hulusi Akar deltok i et panel under en internasjonal konferanse i Canada, melder CNN Türk ifølge Reuters.
En talsperson for Tyrkias president Recep Tayyip Erdogan har tidligere uttalt at det er grunn til å tro at Khashoggi ble oppløst i syre etter at han ble drept og partert, men Akar sier det også er mulig at levninger av Khashoggi kan ha blitt tatt med ut av Tyrkia som bagasje.
– En mulighet er at Khashoggis drapsmenn forlot Tyrkia tre eller fire timer etter at de begikk drapet. De kan ha tatt Khashoggis parterte lik med seg i bagasjen uten problemer på grunn av deres diplomatiske immunitet, sier Akar.
Khashoggi, som bodde i USA og skrev for Washington Post, ble drept på Saudi-Arabias konsulat i Istanbul 2. oktober.
Saudi-Arabia har gitt flere motstridende forklaringer om Khashoggis forsvinning, før de til slutt sa at Khashoggi ble drept etter at «forhandlinger» om å få ham til å dra tilbake til Saudi-Arabia hadde mislyktes.
Tyrkiske myndigheter har sagt at en gruppe på 15 individer, inkludert et «ryddeteam» på to mann, var involvert i drapet. De har også bedt om en etterforskning av hvorvidt Khashoggis levninger ble oppløst i syre.
Saudi-Arabias påtaleansvarlige, Shalaan al-Shalaan, sa torsdag at Khashoggis lik ble partert, fjernet fra konsulatet og deretter gitt videre til en uidentifisert «lokal samarbeidspartner». (NTB)