Hagen avgjorde med sin 1-0-scoring sju minutter før slutt.
Stjørdals-Blink hadde tatt poeng i alle kampene sine hittil i sesongen før kampen mot FFK.
Fredrikstads Kjell Rune Sellin, Joona Veteli og Eirik Mæland fikk se det gule kortet.
Etter torsdagens kamp har Fredrikstad ti poeng og Stjørdals-Blink 13 poeng.
4245 tilskuere så kampen.
Fredrikstad møter Brattvåg 25. mai, og Stjørdals-Blink spiller neste kamp mot Vidar dagen etter.
(©NTB)