Den norske 29-åringen vant spurten foran blant andre Sonny Colbrelli og Greg Van Avermaet etter at hovedfeltet hentet inn den temposterke duoen Jakob Fuglsang og Stefan Kueng i avslutningen av det som var karakterisert som en kupert etappe.
LES OGSÅ: Bakkeavslutningen ble for tøff for Kristoff
Den 118 kilometer lange etappen gikk fra Yiti (Jebel Sifah) til Turismedepartementet og inneholdt flere tøffe stigninger. Kristoff viste at han også kan klatre og overrasket ved å henge med helt opp til målstreken.
Med etappeseieren tok Kristoff tilbake poengtrøya fra Ben Hermans. Den belgiske BMC-rytteren beholder imidlertid sammenlagtledelsen.
Det var Kristoffs tredje seier denne sesongen og hans sjette i Oman rundt totalt. 29-åringen vant også åpningsetappen i rittet tirsdag.Tidligere denne måneden vant Kristoff 2. etappe av det franske rittet Etoile de Bessèges.
Etapperittet avsluttes søndag.